Prawidłowe funkcjonowanie przydomowej oczyszczalni zależy od kilku czynników. Jednym z najważniejszych zachodzących w systemie procesów jest rozkład nieczystości. Jego podstawą są bakterie, które odpowiadają za przyspieszanie biodegradacji, ale przy okazji także w znacznym stopniu neutralizują brzydkie zapachy lub rozpuszczają nagromadzone w nadmiarze osady. Pozwala to udrożnić rury i sprawia, że częstotliwość wywozu opadów jest mniejsza. Na rynku można znaleźć zarówno bakterie beztlenowe, jak i tlenowe. Ich aktywność jest uzależniona właśnie od obecności tlenu.